Η βιομάζα εκτός από την παραγωγή θερμότητας και ηλεκτρικής ενέργειας, μπορεί να χρησιμοποιηθεί για παραγωγή υγρών καυσίμων (τα λεγόμενα βιοκαύσιμα ), τα οποία χρησιμοποιούνται τελευταία, στις μεταφορές σε πολλές χώρες της Ευρώπης (Γαλλία, Γερμανία, Σουηδία, Αυστρία, Ιταλία, Δανία ...) στη Βραζιλία, στις ΗΠΑ κι αλλού. Σακχαρούχα φυτά (σόργο, σακχαροκάλαμο, σακχαρότευτλα ...) ή αμυλούχα φυτά (καλαμπόκι, ...) και κυτταρινούχα φυτά χρησιμοποιούνται για παραγωγή αλκοολούχων καυσίμων (βιοαιθανόλη) με αλκοολική ζύμωση(διαδικασία ανάλογη με αυτή της παραγωγής μπύρας). Η αιθανόλη αποτελεί το πιο διαδεδομένο βιοκαύσιμο, με κόστος που αναμένεται να εξισωθεί με εκείνο της βενζίνης στις προσεχείς δεκαετίες. Είναι καθαρότερο καύσιμο από τη βενζίνη, με μειωμένες εκπομπές CO ₂ , SO ₂ , CO και πτητικών υδρογονανθράκων. Γι’αυτό χρησιμοποιείται σε πόλεις με μεγάλη ρύπανση, όπως το Los Angeles , για την κίνηση των αυτοκινήτων [Πρόκειται για τα λεγόμενα οχήματα ευέλικτου καυσίμου ( FFV – Flexible Fuel Vehicles )] , μόνο του ή σε ανάμειξη με βενζίνη. Επίσης, από ελαιούχα φυτά (σόγια, ελαιοκράμβη, ηλίανθος ...), ζωικά λίπη, προϊόντα σφαγίων καθώς και χρησιμοποιημένα λάδια παράγεται βιοντήζελ .

Τα βιοκαύσιμα αυτά, χρησιμοποιούνται σε κινητήρες εσωτερικής καύσεως, χωρίς ή με μικρές τροποποιήσεις. Τα βιοκαύσιμα μπορούν να χρησιμοποιηθούν σε αμιγή μορφή ή σε μίγμα με συμβατικά καύσιμα με στόχο την ελάττωση ρύπων από μηχανές εσωτερικής καύσης.

Στη Γερμανία, μερικές αυτοκινητοβιομηχανίες όπως η VW χρησιμοποιούν τα βιοκαύσιμα σε καθαρή μορφή (100%) , ενώ έχει τεθεί από την Ε.Ε. ο στόχος, η μίξη να κυμαίνεται από 5 έως 10%. Η χρησιμοποίηση των βιακαυσίμων στις μεταφορές παρουσιάζει ένα σημαντικό πλεονέκτημα έναντι των ορυκτών καυσίμων καθώς στην περίπτωση που διαρρεύσουν, βιοδιασπώνται αποφεύγοντας έτσι τη ρύπανση του εδάφους και του νερού.

Στην Ελλάδα, στον τομέα των μεταφορών, δεν παράγονται, ούτε χρησιμοποιούνται βιοκαύσιμα. Όμως, το 1999 σε μια πιλοτική έρευνα στη Θράκη, μελετήθηκε η αποδοχή του κοινού στο βιοντήζελ. Σε πρατήρια της περιοχής (Ξάνθη, Κομοτηνή, Αλεξανδρούπολη και Φέρες) διατέθηκε ένα ποσό 231 περίπου χιλιάδων λίτρων βιοντήζελ που εισήχθη από την Αυστρία. Από τα αποτελέσματα της μελέτης, που ήταν πολύ ενθαρρυντικά, προέκυψε ότι αν ξεπεραστούν διάφορα προβλήματα, οι επενδυτές και το κοινό είναι έτοιμοι για την παραγωγή βιακαυσίμων από εγχώριες πηγές βιομάζας (ηλιέλαιο, χρησιμοποιημένα λάδια και τα ζωικά λίπη, υπολείμματα σφαγίων).

---